Herramientas desarrolladas por cATG

Se han desarrollado algunas herramientas, las cuales se encuentran disponibles públicamente para ser usadas por cualquier persona:

Pipeline SARS-CoV-2
  • Pipeline desarrollado en Nextflow diseñado para realizar el ensamblaje de muestras SARS-CoV-2 secuenciadas con la plataformas de Oxford Nanopore.
  • Incluye los siguientes procesos:
    • Basecalling y demultiplexación (Opcional)
    • Ensamblaje y variant calling
    • Anotación de variantes
    • Identificación de clados y linajes
    • Métricas de calidad y estadisticas
    • Resumen en formato excel (con toda la información relevante)
    • Reporte inicial para la subida de datos a GISAID

Disponible en: https://github.com/catg-umag/ncov2019-ont-nf

Firmas mutacionales
  • Pipeline para extracción de firmas mutacionales y caracterización general de éstas.
  • Incluye los siguientes procesos:
    • Creación de lista de mutaciones (Opcionales)
    • Colección de información extra de las variantes (contexto, motivo AID, SNV en locus IG)
    • Extracción de Signatures SBS
    • Ajuste utilizando Signatures de COSMIC
    • Reconstrucción de Signatures
    • Reporte con todos los gráficos obtenidos
  • Como resultado se obtiene un archivo CSV con todas las mutaciones encontradas, junto con y diferentes archivos asociados a las firmas mutaciones extraídas de las muestras.

Disponible en: https://github.com/catg-umag/bcell-lymphomas-mutational-signatures

Mutaciones AID
  • Visualización de mutaciones en genes seleccionados en genomas de humano y ratón, destacando si existe ocurrencia en patrones asociados a contextos de AID.

Disponible en: https://catg.cl/lab/tools/aid-mutations/

Peptipedia
  • Peptipedia es una plataforma computacional de soporte para el estudio de péptidos y sus propiedades. Cuenta con la base de datos más grande de péptidos con actividad biológica reportada a la fecha, con un total de 100.000 secuencias, aproximadamente. Esta herramienta tiene caracterizada los péptidos desde diferentes puntos de vista, tanto de propiedades fisicoquímicas como propiedades filogenéticas y funcionales. Además, cuenta con variados servicios computacionales que permiten trabajar con secuencias para su estudio, ya sea la predicción de propiedades fisicoquímicas, caracterización filogenética y funcional, así como también métodos predictivos para clasificación de actividades biológicas. Finalmente, variadas herramientas computacionales basadas en métodos de machine learning se han incorporado para facilitar el entrenamiento de modelos predictivos y de identificación de patrones para fomentar el uso de este tipo de tecnologías en aplicaciones biotecnológicas e industriales. Actualmente, se está trabajando en la segunda versión de la plataforma, incorporando métodos para predicción de interacción con relación a células T y estudio de promiscuidad, así como la elaboración de reglas de diseño de péptidos con métodos basados en Deep generative models.

Disponible en: https://peptipedia.cl