Pipeline para extracción de firmas mutacionales y caracterización general de éstas.
Incluye los siguientes procesos:
Creación de lista de mutaciones (Opcionales)
Colección de información extra de las variantes (contexto, motivo AID, SNV en locus IG)
Extracción de Signatures SBS
Ajuste utilizando Signatures de COSMIC
Reconstrucción de Signatures
Reporte con todos los gráficos obtenidos
Como resultado se obtiene un archivo CSV con todas las mutaciones encontradas, junto con y diferentes archivos asociados a las firmas mutaciones extraídas de las muestras.
Visualización de mutaciones en genes seleccionados en genomas de humano y ratón, destacando si existe ocurrencia en patrones asociados a contextos de AID.
Peptipedia es una plataforma computacional de soporte para el estudio de péptidos y sus propiedades. Cuenta con la base de datos más grande de péptidos con actividad biológica reportada a la fecha, con un total de 100.000 secuencias, aproximadamente. Esta herramienta tiene caracterizada los péptidos desde diferentes puntos de vista, tanto de propiedades fisicoquímicas como propiedades filogenéticas y funcionales. Además, cuenta con variados servicios computacionales que permiten trabajar con secuencias para su estudio, ya sea la predicción de propiedades fisicoquímicas, caracterización filogenética y funcional, así como también métodos predictivos para clasificación de actividades biológicas. Finalmente, variadas herramientas computacionales basadas en métodos de machine learning se han incorporado para facilitar el entrenamiento de modelos predictivos y de identificación de patrones para fomentar el uso de este tipo de tecnologías en aplicaciones biotecnológicas e industriales. Actualmente, se está trabajando en la segunda versión de la plataforma, incorporando métodos para predicción de interacción con relación a células T y estudio de promiscuidad, así como la elaboración de reglas de diseño de péptidos con métodos basados en Deep generative models.