Herramientas desarrolladas por cATG

Se han desarrollado algunas herramientas, las cuales se encuentran disponibles públicamente para ser usadas por cualquier persona:
Pipeline SARS-CoV-2
  • Pipeline desarrollado en Nextflow diseñado para realizar el ensamblaje de muestras SARS-CoV-2 secuenciadas con la plataformas de Oxford Nanopore.

  • Incluye los siguientes procesos:
    • Basecalling y demultiplexación (Opcional)
    • Ensamblaje y variant calling
    • Anotación de variantes
    • Identificación de clados y linajes
    • Metras de calidad y estadisticas
    • Resumen en formato excel (con toda la información relevante)
    • Reporte inicial para la subida de datos a GISAID

Disponible en: https://github.com/catg-umag/ncov2019-ont-nf
Firmas mutacionales
  • Pipeline para extracción de firmas mutacionales y caracterización general de éstas.

  • Incluye los siguientes procesos:
    • Creación de lista de mutaciones (Opcionales)
    • Colección de información extra de las variantes (contexto, motivo AID, SNV en locus IG)
    • Extracción de Signatures SBS
    • Ajuste utilizando Signatures de COSMIC
    • Reconstrucción de Signatures
    • Reporte con todos los gráficos obtenidos
  • Como resultado se obtiene un archivo csv con todas las mutaciones encontradas, junto con y diferentes archivos asociados a las firmas mutaciones extraídas de las muestras.
Disponible en: https://github.com/catg-umag/bcell-lymphomas-mutational-signatures
Mutaciones AID
  • Visualización de mutaciones en genes seleccionados en genomas de humano y ratón, destacando si existe ocurrencia en patrones asociados a contextos de AID.
Disponible en: https://catg.cl/lab/tools/aid-mutations/